Плагин для explorer'а, который при правом клике на папке, в контекстное меню. добавляет пункт Color - выбор цвета папки.
А если скачать дополнительный плагин программы - можно изменять, также, и внешний вид папок.

iColorFolder 1.4.2 + iCF Skin Pack 1.2.1
Вес архива - 8,25 МВ